明万历年间，意大利天主教耶酥会传教士利玛窦和罗明坚神父受到教会指派来到中国，假借佛教徒的身份开始在中国传播教义。来到中国后的利玛窦积极学习中国传统文化，将儒学经典与基督教进行了结合，在当时明朝谨慎的宗教政策下博得了一片寰转的余地。
1605年利玛窦在北京出版了《西字奇迹》，首次采用了拉丁字母对汉字进行注音，原本已经失传，仅在明末程君房所编的《程氏墨谱》中留有四篇。之后经罗常培先生根据该书的汉字与拉丁文对照的译文，整理出一个包括26个声母和44个韵母的汉语拼音方案。
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1626年，法国传教士金尼阁将利玛窦的罗马字注音方案加以扩充，于杭州出版了一部罗马字注音的汉语字典《西儒耳目资》，用来帮助在华外国人学习汉字。金尼阁所制定的方案含二十九个字母，其中有五个元音，二十个辅音，以及四个“他国用，中国不用”的辅音。通过五个元音和二十个辅音字母之间的组合，形成二十个声母（称为“字父”）和五十个韵母（称为“字母”）。实际使用时，“欲切某字，先察其父，后察其母”，“父母相会”，可以拼得“字子”，“字子”即所查汉字的音节。这个方案后来被称为“利、金方案”，它为汉字注音奠定了基础，同时为后续的拼音文字运动开启了大门。
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其后二百年间，由于清朝严厉的禁教政策，在华的传教士也不得不隐于地下密秘传教。直至1842年《南京条约》签订，帝国主义的坚船利炮轰破了国门，大批西方传教士从地下走上台面横行中国，为图传教的便利，开始在民众间推广拼音。
教会罗马字的萌芽始于1807年到广州传教的英国基督新教传教士马礼逊（ Robert Morrison ）。当时的教会指派他来中国打前站，所以他的首要任务便是学习中文、编辑英汉词典并翻译圣经。为此，他在1815年至1823年间，参照《康熙字典》和17世纪在华的意大利人叶尊孝（Basilio Brollo）组织出版的汉、拉、法大辞典《汉字西译》，出版了一部中英对照的《华英字典》，书中采用了他自创的官话拼音方案并附有一套广州方言的拉丁字母音节表，用以帮助当时的来华外国人学习中文。
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1843年8月，基督新教伦敦会牵头，各个差会（指基督教新教差派传教士进行传教活动的组织）参与，于香港召开了在华首次译经会议。会议上提到，“将圣经译成中国文字，比之先前出版的，更加注意普及，以求广布”，并为此设立了总委会，专门从事圣经的中文化翻译工作。会议后，圣经被陆续翻译为各地方言进行传播，除了翻译为汉字外，还有很大一部分采用的是罗马字拼音进行拼写，即所谓的“教会罗马字”。
之所以采用教会罗马字书写的原因有二：其一，文字的发展相较于语言有着显著的落后性，导致很多口语里有的字没有对应的书面文字，说得出却写不下，这在方言众多的中国尤其显著；其二，相较于繁复的汉字，罗马字作为一种表音文字，所读即所写，读得出便写得下，大大降低了民众的识字成本，只需通过几个星期的学习便能读会写。教会罗马字的普及大大提升了传教士对汉字进行拼音化改革的热忱，掀起了一波对各地方言进行罗马字化的热潮。
厦门作为中国最早对外开放的通商口岸之一，早在1850年之前厦门话的拉丁化方案便已经在中国和马来、新加坡等国家和地区使用。传教士养雅各最早使用教会罗马字翻译了部分《圣经》，1850年传教士打马字（Rev. JohnVan Nest Talmage）等人开始在教会学校进行使用养雅各翻译的《圣经》进行罗马字的教学。其后，传教士杜嘉德（Cartairs Douglas）根据约翰·卢的《罗马化会话字典》编纂了《厦门白话字典》，打马字又根据杜嘉德的《厦门白话字典》编纂了《厦门音个字典》，1913年甘为霖又进一步完善，出版了《厦门音新字典》。
除了厦门之外， 1851年，传教士丁惠良制定了宁波话的罗马字拼音方案；1874年，Thomas Barcley在台湾推行教会罗马字；1875年，John.C.Gibson在汕头制定了汕头话罗马字拼音方案；1890年，W.N.Brewster在兴化推行兴化方言的教会罗马字；1903年，W.E.Soothill完成温州话罗马字圣经的翻译工作。除此之外，还有潮州话、莆田话、客家话、上海话、台州话等，共计17个版本的方言教会罗马字《圣经》以及相应的罗马字拼音方案。
相较于南方地区方言教会罗马字的顺利推广，位于中部、北部、西部的官话区作为中国传统文化的中心，教会罗马字的推行则困难重重。但根据1890年资料记载，官话区人口约两亿四千万，几乎占当时全国总人口数的三分之二，如此巨大的潜在市场又让在华传教士心有不甘。
1890年第二次基督教在华传教全国大会于上海举行。大会上，内地会创始人戴德生（James Hudson Taylor）提出要制定一个统一的罗马字标准，获得了大会下属方言版本委员会的积极响应。然而由于方言种类繁多且差异巨大，统一标准的制定工作历经数年几乎是一事无成。同年，负责教会在华教育及教科书编纂出版工作的益智书会在大会上改组为中华教育会（后改称中国教育会），并开始吸收中国学者，同样开始了罗马字编纂推广工作。中国教育会下设多个委员会，其中：1899年中国教育会第三次三年大会上成立了罗马字委员会，负责官话罗马字的筹备工作；1902年第四次三年大会正式成立官话罗马字委员会，负责官话罗马字标准的编撰。中国教育会并没有试图为各地方言制订统一标准的罗马字方案，而是以官话为基础制订官话版本的教会罗马字，并一改之前只针对于基督教众的推广方针，将其推广至全民教育。其后陆续出版了《官话罗马字韵府》两卷、《罗马字初学》、《马太福音》、《马可福音》等，甚至发行了官话罗马字月刊《普通文报》。
1907年，第三次基督教在华传教全国大会举办。时值基督教在华传教百年，且刚刚经历过义和团运动的冲击，差会教育和差会之间的联合、自立以及与清政府的关系处理成为了会议的主要议题。大会上，中国教育会的官话罗马字标准编撰工作得到了充分的肯定：“大会了解那已经在各地推行的罗马化中国字对于教育会有多大的功用，并感到这样一种文字，是产生一条达到文盲心中去的最直接的道路，我们感谢教育会制定出官话罗马字标准，以及各公会和教育会出版的一些书籍。”并建议使用官话方言的传教士“尽快出版一些新的作品。”
据《中华归主 (The Christian Occupation of China)》一书中所载，于1891年至1904年间，共计销售教会罗马字《圣经》137870部。中国教育会1909年与上海举行的第六次三年期会议上，罗马化委员会所做的报告中对1891-1908年各方言罗马字版圣经销量的统计如下表：
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罗马字圣经的出版记录
除《圣经》外，诸多著作亦出版了相应的教会罗马字版本，如《圣经故事》、《四书译注》、《闽南音圣诗》以及小学用的修身、历史、地理、生理、数学等课本，出版物总数在120万册以上。
1912年中华民国成立。自义和团运动以来，帝国主义压迫下的民族主义情绪日益高涨，教会罗马字也因其对汉字的冲击而饱受批评。一些传教士甚至提出以教会罗马字替代中国传统的汉字，激起了民众的极大反感。同时，随着汉字注音运动的官方化以及中国学者自己对汉字改革的探索，教会罗马字便在民国成立后逐渐走向没落。尤其是在1918年以后，说北方话的地区便基本没有人在使用罗马字了。
虽说民国之后教会罗马字运动逐渐落下帷幕，但依旧有一部分人在竭力进行推广，尤其是在中国南部地区。1917年，基督教美以美会在福州举办大会，会议上要求：“一，每个会堂的传教士，必须为本堂的会友设立一个罗马字班，每星期至少上课一次；二，每个教区，应该为本区的工作人员每年举行一次规定的罗马字研究，指导他们怎样教民众学习罗马字；三，尽力设法使罗马字书籍便宜于现在的价格；四，每个传教士应在次年的大会中报告本教区或本会堂学习罗马字的人数。”教会罗马字的影响之深远，直到新中国成立后，在厦门地区和旅居海外的还有十万人左右应用这种方言罗马字。
相较于基督教教会罗马字运动的轰轰烈烈，天主教的相关改革则显得极为单薄。1885年，山东主教Ilmus D.Cosi编制了一版山东话的罗马字拼音方案，并办了两所罗马字拼音学校进行该方案的推广教学。其后便是1931至1932年间，法国和加拿大的两位天主教传教士合作制定了“辣体汉字”方案，发表在北京《教会丛刊》。“辣体汉字”方案是根据汉字古代读音《广韵》设计的拉丁字母汉语注音方案，试图在不改变字母的情况下可以通读各地方言的方音。但是由于“辣体汉字”方案拼法和写法上都过于繁复，使用上极为不便，也就没有推广开来。
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除了基督教和天主教的拼音文字方案外，还有其他由在华外国人制订的方案。其中比较有名的要数“威妥玛式”和“邮政式”。
威妥玛（Thomas F .Wade）是鸦片战争中的一名中尉，担任过通译官和书记官，后升任为英国驻华公使，1888年受聘于剑桥大学任汉学教授。在华担任英国使馆中文秘书时，为方便使馆人员学习汉语，于1867年出版了一部京音官话课本《语言自迩集》，由此确立了“威妥玛式”拼音方案。之后“威妥玛式”拼音方案做为音译中国地名、人名和事物名称的通用标准使用，一直使用至1977年联合国第三届地名标准化会议，会议上改用新中国的《汉语拼音方案》作为中国地名罗马字拼法的国际标准为止。
“邮政式”是一个以拉丁字母拼写中国地名的系统，基本上承袭了威妥玛式的拼写方法，只是稍作改动。当时英国人把持中国的邮政和电报业，为方便使用便将英文中的中国地名译音作为邮政和电报中地名的书写标准。1906年春季于上海举行的帝国邮电联席会议后“邮政式”正式使用。现今，北京大学英文名称中的Peking（北京）、清华大学中的Tsinghua（清华）、苏州大学中的Soochow（苏州）等，便采用的是“邮政式”拼音的拼法。
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