上海交大青年教授提出光驱动“细胞工厂”:以CO₂代替葡萄糖,碳中和的同时高效产出高值化合物|专访

2021-02-19 星期五


早在一个世纪以前,现代有机光化学之父 Giacomo Luigi Ciamician 就曾提出真正的绿色合成是采用类似植物的方式来生产化合物。但到底如何实现这样的绿色合成呢?这个问题困扰着学界多年。直到近些年,伴随着合成生物学的快速发展,“绿色合成途径” 的难题才取得一些实质性的突破。


“所谓合成生物学,就是利用工程设计的理念改造或创造生物,让其能够完成我们所设定的各种任务。这包含两个层面,一方面是对已有的生物改造;另一方面是创造新的生物体。” 上海交通大学的特别研究员、长聘教轨副教授倪俊告诉 DeepTech。


关于合成生物学的应用,倪俊表示非常广泛,细胞工厂就是一个典型应用,通过对微生物的改造来定向生产人们需要的产物。比如用微生物生产可降解塑料,从而避免化工塑料对环境的污染;再比如用微生物生产青蒿素,可以大幅降低制造成本等等。


而光合细胞工厂,可看作是传统细胞工厂的升级版。“光合细胞工厂是基于光合微生物发展起来的一种新型合成生物技术。” 他说,“我们通常用的是蓝藻,这种微生物遗传操作非常简单,生长比较快,它可以直接利用太阳能驱动 CO₂ 来合成产物,还能表达几乎所有植物源的基因,而且蓝藻细胞内的环境非常适合作为植物天然化合物的生产平台。”


图丨光合细胞工厂(来源:受访者)


光合细胞工厂能够直接利用 CO₂ 和太阳能合成包括白藜芦醇、花青素、青蒿素等具有较高市场价值的植物天然产物,同时缓解了当今世界所面临的 “气候” 和 “健康” 两大难题,既吸收了温室气体 CO₂,又能带来有价值的产物,可谓一举两得,毫不夸张地说,这堪称现实版的 “点石成金”。


光合细胞工厂生产周期更快、效率更高、成本更低


以往,人们需要植物天然化合物时,就会从相应植物中进行提取,这是传统化工业通用的方法,但这也面临两大难题:其一,植物生长周期慢,难以快速获得;其二,植物体内化合物的含量极低,难以大量获得。这就直接导致很多植物天然产物的制造成本居高不下。


光合细胞工厂带来了转机,它直接用光合微生物进行加工生产,不论是周期、效率以及产量都有着质的飞跃。相较于传统细胞工厂,光合细胞工厂摆脱了对于底物的依赖。“光合细胞工厂不再使用葡萄糖作为底物,而是使用温室气体 CO₂ 来生产我们所需要的目标产物,因此生产成本更低,生产过程也更加环保。” 倪俊表示。


如果把蓝藻细胞比作一个微型工厂,将不同的、定制的生产线引入到细胞当中,那么就可以生产所需要的产物,并且在一个体系中,通常会有上亿个这样的细胞工厂同时工作,因此效率非常高。


倪俊介绍道,他在读博期间接触的第一个项目就是用微生物生产香兰素。


香兰素是一种大规模使用的香料,传统方法是从芸香科植物香荚兰豆中进行提取,但由于植物的生长周期很长而且含量非常低,导致香兰素的提取变得非常困难。他的课题组开发出香兰素发酵技术,用微生物生产香兰素,把成本降低了 100 倍以上,生产周期只有 3 天左右,100 立方米的发酵罐的香兰素产量与上万亩香荚兰豆的香兰素产量相当。


图|光合电子链的可塑性机制示意(来源:受访者)


另外,倪俊还提出了光合电子链的可塑性机制,这进一步提升了光合效率。以生产一吨白藜芦醇为例,相比传统生产过程,使用这种方法可将生产周期缩短 240 倍,节约 72000 余亩土地,同时吸收超过 2000 吨 CO₂。


对于目前依然形势严峻的新冠疫情,由光合细胞工厂生产的柚皮素,能够起到预防和治疗的效果。“包括柚皮素在内的很多天然化合物在植物中的含量非常低,并且植物生长周期长,因此很难在短时间内大量获取,而光合细胞工厂则能快速且大量地生产这些植物天然产物,以应对大规模传染病。” 他说。


倪俊还表示,他们最近正在开发基于替代磷源的光合细胞工厂,可实现敞开式化合物的生产发酵,从而能省去灭菌成本、以及发酵罐设备成本,届时整体生产成本将会进一步降低。


在 MIT 萌生技术产业化思考,回国后他开创光驱动合成生物平台


如今,全球温室效应使海水的能量每年增加 9×10 的 21 次方焦耳,这个能量相当于原子弹爆炸释放能量的一亿多倍!如此巨大的能量带来包括干旱、洪水、飓风等在内全球极端气候的频繁出现。早在 2019 年,牛津词典便将 “气候紧急状态” 列为年度词汇。


众所周知,CO₂ 是温室气体的主要成分,也是导致温室效应的元凶。作为能源大国,中国每年排放的 CO₂ 高达 100 亿吨,因此,减少碳排放刻不容缓。自然界中的一些藻类生物,比如蓝藻,它是地球上存在最为广泛的藻类生物,其光合作用能够吸收温室气体 CO₂ 释放 O₂,显然这对于缓解温室效应以及实现中国碳中和目标有着至关重的意义。


如何能够更好地利用藻类生物减缓温室效应并实现资源可持续生产呢?这也正是倪俊一直在研究的问题。


基于合成生物学的理念,倪俊提出了光驱动合成生物学,在光合微生物中重构植物天然产物的合成途径,将 CO₂ 高效转化为一系列高值天然产物。凭借在合成生物学领域取得的成果以及对环境保护作出的贡献,他成为 2019 年《麻省理工科技评论》“35 岁以下科技创新 35 人” 中国区得主。


在 MIT 期间,倪俊师从张曙光教授,在 Media Lab 从事蛋白质设计和改造的研究利用 QTY 技术将膜蛋白进行水溶性改造,这项技术有望用于膜结合蛋白的功能性表达,从而给合成生物技术提供更为有效的元件。“当然,在 MIT 与 Robert Langer 和张锋等教授的交流过程中,我也时常思考如何将自己的技术更好地进行产业化来创造实际价值。”他说。


图|《麻省理工科技评论》“35 岁以下科技创新 35 人” 2019 年中国区榜单入选者倪俊


青出于蓝而胜于蓝 —— 光驱动合成生物学


问及目前合成生物学的技术难点,倪俊说:“在于成本和效率。”


首先,成本层面。传统合成生物学通常使用大肠杆菌、酵母菌等异养微生物,对于底物(比如葡萄糖)的依赖性较大,而底物成本占据了 50% 以上。对此,他转而使用蓝藻等自养微生物,依靠光能驱动把一些废弃资源(比如 CO₂)转化为所需要的目标产物,于是成本便得到了很好的控制。


其次,效率层面。Design Build Test Learn(DBTL)是合成生物学的一个普遍的研究思路,包含四个环节:设计、构建、测试和学习。通过设计来构建合成生物体系,测试构建的体系,再利用测试获得的数据来进行学习,更深地了解生物体系,指导我们更好地设计,从而形成一个循环来不断迭代合成体系。


图|Design Build Test Learn(来源:受访者

就提升效率,倪俊表达了他的想法,“相较于人脑手动去不断地分析、思考、修正,借助人工智能无疑是更高效便捷的方式,可以通过自动化设备来进行超高通量的构建和测试,获得海量精准的数据,再结合 AI / 机器学习来提高我们对于生物的理性设计能力,从而使得合成生物体系的运转效率提高上万倍。目前我们也在努力搭建这样的平台。

在谈到合成生物学的应用前景时,他表示,“合成生物学带来的变革是颠覆了传统化工、农业等多个产业制造模式。而光驱动合成生物学所带来的变革是,在原有合成生物学的基础之上实现了目标产物不依赖有机碳源的可持续生产,成本更低、也更环保,未来将重塑化工产业链,涵盖医药、美妆、保健营养等众多领域。”

此外,倪俊还介绍了光驱动合成生物学正在进行的一些实践应用。比如细胞治疗,可以将聚球藻移植到小鼠肿瘤细胞里,配合光动力学疗法,小鼠乳腺癌的抑制效果达到 100%。“目前我们所做的工作是在细胞里面引入了一些代谢类的酶,或者加一些罕见代谢类疾病所缺少的关键元素,可以治疗某些代谢类的疾病。比如加入苯丙氨酸解氨酶,可用来治疗苯丙酮尿症(苯丙酮尿症是因为不能代谢苯丙氨酸所致)。”

图|J. Am. Chem. Soc. 和 Angew. Chem.Int. Ed. 杂志封面

非常值得一提的是,倪俊团队在合成生物学领域所取得的贡献也得到了世界范围的认可,研究成果曾被业内顶级期刊 J. Am. Chem. Soc. Angew. Chem.Int. Ed. 选做封面文章。

中国合成生物学领域需要发展应用端

在问及合成生物学领域的国内外差距时,他说:“我认为在科研端,国内外合成生物学的科研水平相差不大,甚至中国在一些技术上领先于国外。比如,第一个将酿酒酵母的 16 条染色体重新设计并人工合成 1 条的技术就是出自中国团队。”

“合成生物学领域国内外差距主要表现在应用端。” 他坦言。合成生物学很需要平台型的公司进行整合来提高效率,但目前,中国还缺少新型平台型应用企业将合成生物学的各个环节进行整合,来提高可实际应用合成生物技术的开发速度。而这个方面,国外已经有很多合成生物学的应用型企业,比如 Amyris、Zymergen 等,中国近两年出现的平台型公司基本在模仿欧美这些合成生物学公司的技术路线。

而眼下,美国拜登政府已经将合成生物学纳入与中国科技竞争之中,可见美国对其重视程度。“对于中国而言,将科研与企业相融合,着力发展新的平台型公司,才能加速中国合成生物学产业的落地与发展,与国外企业相竞争,乃至超越国外。” 倪俊表示。

利用温室气体 CO₂ 的光驱动合成生物学就是一个新型的应用平台。目前,全球 10 大经济体中已有 7 个国家提出了将在 21 世纪中叶实现碳中和的目标。国家主席习近平在去年 9 月联合国大会上提出中国将在 2060 年前努力实现碳中和目标。12 月,国家主席习近平在气候雄心峰会上指出:“到 2030 年中国单位国内生产总值 CO₂ 排放将比 2005 年下降 65% 以上;可再生资源占一次能源比重将提至 25% 左右;森林蓄积量将比 2005 年增加 60 亿立方米风电、太阳能等可再生能源装机容量将达到 12 亿 kW 以上,在推动高质量发展的同时促进经济社会发展全面绿色转型,为应对全球气候变化作出更大贡献。

兴趣是第一任老师,合成生物学的应用让他着迷

谈到为何喜欢合成生物学的时候,倪俊表示:“我一直都很喜欢生命科学。进入合成生物学这个领域则是因为我的博导许平教授,是他给我展现了合成生物学在各个方面的很多应用,而这坚定了我在这条路上走下去的信心。”

“在读博期间所从事的一系列合成生物学实践和应用,让我看到到这个技术能够真正地造福人类和地球,于是我彻底地喜欢上合成生物学这个领域。” 他说,“比如,在奶茶店里经常见到由聚乳酸塑料制成的吸管或勺子,聚乳酸可降解塑料就是由微生物生产的;再比如,环境修复,我们可以用微生物来降解环境中一些有毒物质…… 还有很多,这些都是合成生物学的在现实生活中的实际应用。” 他补充说。

“希望中国能发展更加新型的合成生物学平台。” 他告诉 DeepTech,“目前中国有一些优秀的专家从事光合微生物和合成生物学的研究,我只是在前辈们的基础上提出了这么一个概念(光驱动合成生物学),希望未来能继续整合一些新的技术,带来一些新的突破。”

在采访最后,倪俊表达了对未来的期许,他说,“我的愿景是希望光驱动合成生物学能够更好地造福人类,让我们更健康,让我们的地球更健康,希望中国光驱动合成生物学能在世界处于领跑的地位。”

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