[变异毒株]也许……更大的还在后面

2021-11-28 星期日
大家周末愉快啊~
关于B.1.1.529，今天冒出来的信息比前两天更碎片化，
所以今天就以吹水打屁聊天为主吧，
先走几个小八卦，再顺手贩卖一点焦虑。
哦对了，前两集见这里：
[变异毒株]大的……大的要来了
[变异毒株]B.1.1.529……大的真的来了（第二集）
下面正式开八~


小八卦一：为啥是Tom Peacock老师最先发现B.1.1.529？


——Peacock老师帅照，请品鉴：

因为……最近Peacock老师刚好在搞一个重磅paper，
主要是研究免疫缺陷病例长期无法转阴的状态下，病毒体内演化的机制，
所以他需要收集各种疑似长期感染的测序记录。
于是他一时手贱，写了个即原始又好用的小东西，
可以定期在GISAID数据库抓测序记录，
然后自动跟主流毒株的突变位点（也就是Delta）作比对，
只保留那些差异明显的。
（因为抓东西太频繁，这逼长期担心被GISAID封号……）
所以，前两天香港刚刚把B.1.1.529的记录上传上去，
就被Peacock老师一把抓了个正着……
然后顺势一搜，又搜到博茨瓦纳有三个匹配记录，
正好，他跟Pango team的几位又是老熟人……
所以当场就提交了，一点都没耽误~

不过吧，B.1.1.529这货造型如此引人瞩目，
但凡它上了GISAID，
就算不靠自动抓包小外挂，
也会很快被发现的……
毕竟那么多双眼睛盯着呢，大概率不用等到第二天。
当初B.1.617那种耽误半年时间的闹剧，应该不会再重演了。
（B.1.617当初的闹剧请见这里：[独家原创]DELTA成神记（上集））

小八卦二：反应神速的南非KRISP测序团队

说到这里，咱必须大力表扬一下以Tulio de Oliveira老师为代表的南非基因测序团队。
——Tulio老师帅照，请品鉴：
现在回头来看，B.1.1.529差不多是在十月底开始在南非各地冒头，然后迅速攀升。
——请品鉴：
↑ 上图是南非各省通过PCR检测的SGTF特性间接确认的B.1.1.529流行率走势。
或者用人话来说，就是带有刺突蛋白69/70缺失突变的PCR检测结果，在全体结果中的比例。
（另外顺便说一句，2021年10月份之前的69/70缺失突变，基本都是Alpha的锅）
所以B.1.1.529的病例10月底开始大量冒头，
Tulio老师和NICD/KRISP从11月10号左右开始组织针对性的社区筛查，
相关测序结果则在11月23日上传GISAID，
恰好Peacock老师那边的小外挂也给力，
他又跟Pango network背后大佬Rambaut老师挺熟，
所以多方同时使劲，
这口大瓜我们才能这么快吃到嘴（这句划掉）
换个高情商说法：
所以各国才能及时对南部非洲地区采取临时断航等措施，阻止局势糜烂（hopefully……）。
从这种意义上来说，B.1.1.529的全球扩散进程，从一开始就远远不如当初Delta那么酣畅淋漓。
所以，但愿，人类这次可以避开Delta当初那样的悲剧吧（天真的乡愿而已…）
毕竟，Delta那时候，印度的检测机制和病毒学界集体做大死，
整整晚了5个月左右才发现B.1.617的存在，
而后英国佬更是推波助澜，协助Delta快速传遍全世界……
而从比烂的意义上来说，
南非虽然防疫相对拉胯，
且阴间变异株也层出不穷，
但在祸害全球的程度上，
南非离英美巴印实在是差了八条街……

小八卦三：南部非洲可能已经全部沦陷

刚刚得到的最新悲报。
B.1.1.529已经登陆埃及、比利时、以色列等地。
（其中以色列的病例就是咱们家好基友Shay老师亲手给揪出来的~）
——请品鉴：
更大的悲报在于，
以色列一口气揪出来的这四例里面，
有一例是马拉维输入的~
也就是说，连马拉维这种鸟都不拉屎的小地方，
B.1.1.529都已经泛滥到可以制造输出病例的地步了，
这形势，各位品品？

说到这里，咱顺手再帮南非再洗一洗地得了。
虽然咱常年押注全世界最大的蛊王一定是南非，
但这个蛊王地位其实有两层含义，
第一是大家都懂的，突破天际的HIV流行率，以及因此导致的全人口规模的免疫缺陷状态；
第二点大伙儿可能没太留意——南非是整个非洲地区最大的交通枢纽之一，同时也是南部非洲劳务和商务中心。
换句话说，每天都有全非洲各国人民在南非（尤其是豪登省）流动，
而这些人的HIV患病率（也就是免疫缺陷比例）通常并不会比南非人低太多。
所以之前南非出产的那些阴间变异株吧，
有一些可能根本不是南非的锅……

举个略跑题的例子，就比如说C.1.2，
（C.1.2的详细八卦请见这里：[变异毒株]C.1.2，南非新晋毒王）
当初咱都以为这货是土生土长南非种，
——结果……后来……请品鉴啊：
演化树逐渐补完之后，脉络就慢慢变清晰了……
C.1.2它压根儿就不是C.1（南非特产）的子毒株，
它跟C.1隔了八条街远~
这货其实是C.38（埃及特产）的好基友，
（所以排资论辈的话，本来应该叫C.39才对）
而且吧，C.1.2和C.38的共同祖先，
最早是在皿煮刚果现身的……

所以情况就是这么一个情况，
南非作为整个非洲大陆极少数勉强有能力靠着测序机制监控毒株漂变的地区，
同时又是半个非洲大陆的交通枢纽和经济中心，
全非洲的阴间变异株，都有可能在这儿齐聚一堂，崭露头角~

而这次的B.1.1.529，
至少在前期爆发模式上，还有演化树的造型上，
也有一丢丢类似的苗头。
——请品鉴：
所以咱敢豪赌5兰特啊，
B.1.1.529最早的发源地，
更可能是在南非和博茨瓦纳之外其他某个检测和测序双双拉胯的地方……
所以，总而言之，
整个南部非洲应该都悬了……
讲完小八卦，
下面进入贩卖焦虑的环节吧。

焦虑一，血清表型分化

看到不少所谓的专家都还在纠结传染性和免疫逃逸能力，
中外都有。
naive~
对于B.1.1.529来说，传染性和免疫逃逸能力已经不再重要。
——请品鉴：
↑ 这个是鲁汶大学Tom Wenseleers老师搞的毒株流行率多项式拟合，
各位不妨比较一下，
当初Beta取代屁民毒株时的曲线走势，
以及当初Delta取代Beta时的曲线形状，
再看看现如今B.1.1.529取代Delta时的曲线形状。
根本就没在一个频道好不好？
而且要说B.1.1.529比Delta传染性强这么多？这个恕咱暂时没法接受……

B.1.1.529这个造型吧，
它反倒更像是B如入无人之境。
之前的各种预存抗体免疫力统统一笔勾销。

——或者掉个书袋就是[1]：
血清型：血清型之间没有交叉抗原-抗体反应，或抗原-抗体反应的同源/异源相互滴度比大于16。
请记住这个数字：滴度比16。
咱暂时不说B.1.1.529，
咱先说说Beta和Delta~
——请品鉴：
↑ “delta变异株、beta变异株，以及某位长期感染病例体内演化出的变异株，分化成为不同的血清表型”

不同的血清表型可还行？

长话短说，Delta、Beta和某个HIV患者体内长期感染养出来的阴间变异株，
这三者到底有没有满足血清型分化的最低标准？
——请品鉴：
Beta康复者血清 vs Delta的滴度比：12.4
Delta康复者血清 vs Beta的滴度比：33.6
一边超了标，另一边则差一丢丢才达到16的下限，
看来这篇文章作者是标题党无疑……
但是现在问题就来了，
Delta和Beta的RBD结构域只差了5个突变，然后Delta和Beta已然有12.4和33.6的滴度比，
那么现在Delta和B.1.1.529之间差了十几个突变，
或者说不管啥毒株的RBD都跟B.1.1.529差了十几个突变……
这个滴度比将会是啥造型？
能不能超过16的门槛？
够不够满足血清分型的硬标准？


焦虑二，免疫逃逸

昨天咱说B.1.1.529会导致市面上所有单抗无效化，
居然有一堆洗地党跳出来硬杠……
有啥意义呢……还是让老夫一锤子把棺材板钉死得了。
下面是哈金森研究所大佬Jesse Bloom老师搞的B.1.1.529 vs RBD抗原表位深度突变扫描结果，
——请品鉴：
↑ 四个抗原表位，三个全军覆没（还有一个本身就不给力……）

——或者具体到市面上的单抗产品来说：
↑ 再生元，死字写脸上
↑ 礼来，死字又写脸上
哎，摊手~

哦对了，
小道消息，以色列揪出来那四个病例里头，
有一位已接种三针BNT（最后一针9月份接种），
还有一位已接种两针J&J（最后一针也在9月份接种）
……
……
这可如何是好？


焦虑三，B.1.1.529的诞生模式

这个问题其实之前已经提醒过了，比如说：
[每日一焦]论神一般的变异毒株是怎样诞生的
这就是为啥咱从来就不认为印度是蛊王……
一句话总结就是，想要养蛊吧，
光凭人多传播猛是不够的，
免疫缺陷人群的养蛊功力，一个能抵成百上千个~
这个硬件差距，印度怎么追？

而关于这次的B.1.1.529，
最大的焦虑之处就在于，
它的上一辈毒株，是B.1.1~
——请品鉴：
这就是个弱鸡玩意儿，
差不多在2020年4-6月达到流行率巅峰，之后就慢慢绝迹。
如果我们姑且同意B.1.1.529起源于免疫缺陷病例长期感染这个假说的话呢，
那么这次长期感染，
很有可能就经历了一年甚至更久的文火慢炖，
才最终炼出毒王。
（当然了，B.1.1.529可能还有一丢丢跨物种回传的痕迹，这个以后另外说）

所以现在问题来了。
南非差不多有超过1千万人处于潜在的免疫缺陷状态（通过HIV流行率随口盲猜的），
非洲以及全世界其他地方的免疫缺陷人口更多得多。
他们当中的每一位，都是定时炸弹，
都有可能维持长达一年以上的长期感染。
这些定时炸弹拿B.1.1这样的上古弱鸡毒株当种子，
养上一年，都有可能开出B.1.1.529这种程度的惊吓盲盒，
那么如果有定时炸弹拿Alpha或者Beta这样的VOC做种子，
养到明年的话，
到时候会开出怎么样的惊吓盲盒呢？

更不用说，B.1.1流行的那阵，
市面上几乎没啥单抗可用，
而到了今天，在世界上某些奇葩地方，
滥用单抗就如何吃饭喝水一样……
——请品鉴：
所以，各位不要以为B.1.1.529就是最大的……

也许，更大的还在后面呢~

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